自从神秘岛一役后，表面上世界重归平静，阳光依旧普照大地，城市车水马龙，人们按部就班地生活着。然而，在这看似平静的表象之下，一股暗流正悄然涌动。

柯南回到了米花町，尽管生活看似恢复了往日的模样，但他始终保持着高度警惕。他知道，神秘组织绝不会善罢甘休。每天晚上，当城市陷入沉睡，他总会坐在窗前，望着繁星点点的夜空，思考着神秘组织可能的下一步行动。

而灰原哀则回到了阿笠博士的家中，继续她在实验室的研究工作。她一方面致力于研发能彻底解除柯南身体异常状态的解药，另一方面也在分析从神秘岛带回的各种数据，试图找出神秘组织更多的秘密。

国际刑警组织也并未放松警惕，他们在全球范围内展开了对神秘组织残余势力的追捕行动。然而，神秘组织似乎消失得无影无踪，如同鬼魅一般，没有留下任何明显的线索。

一天，柯南像往常一样在帝丹小学上课。课间休息时，他的手机突然收到一条匿名短信：“小心身边人，危险将至。”柯南眉头紧皱，心中涌起一股不祥的预感。这条短信来得太过蹊跷，它到底是敌是友？是真正的警告，还是敌人故意设下的陷阱？

放学后，柯南没有立刻回家，而是来到了阿笠博士家，将短信的事情告诉了灰原哀和博士。灰原哀看着手机屏幕上简短的几个字，表情凝重：“这很可能是神秘组织的手段，想要扰乱我们的心神。但也不排除是某个知道内幕的人在暗中帮助我们。”

“不管怎样，我们都不能掉以轻心。从现在起，我们要更加小心谨慎。”柯南说道。

就在这时，阿笠博士的电视突然自动打开，画面中出现了一个模糊的身影。“工藤新一，宫野志保，你们以为摧毁了神秘岛，就可以高枕无忧了吗？你们太天真了。我们的计划远比你们想象的要复杂得多。接下来，你们将为自己的所作所为付出惨痛的代价。”神秘人的声音低沉而充满威胁。

“可恶，他们到底想干什么？”柯南愤怒地握紧了拳头。

画面中的神秘人继续说道：“接下来的日子，你们身边将危机四伏。每一个看似平常的角落，都可能隐藏着致命的危险。看看你们能在我们的阴影下撑多久。”说完，电视画面“啪”的一声关闭了。

“看来他们真的要展开报复行动了。”灰原哀说道。